明治１８年、１９年、九州各県・山口・広島・岡山・鳥取の各県から野幌屯田兵の入植により、原始の密林を開拓し入植者の「心のよりどころ」として明治２２年伊勢皇大神宮から御分霊を奉斎して祭祀したのが始まりで、昭和６２年には御鎮座百年を迎えることとなりました。当時「錦山神社」として、野幌地域の鎮守、五穀豊穣の神として崇拝されておりました。
昭和４８年、九州太宰府天満宮から菅原道真公の御分霊を奉斎して、錦山天満宮と改名して以来「天神さま」の御神徳を仰ぎ今日に至ります。平成２年には、太宰府天満宮より御神納の梅の苗木を賜り、境内には梅園が造成されました。また、受験シーズンになると、近くの中学・高校生をはじめ道内各地の受験生が合格祈願に訪れます。